Metoda pracy projektowej jest najczęściej wykorzystywanym narzędziem w pracy szkół Pro Futuro, zarówno przez zarząd szkoły, nauczycieli jak i uczniów. Tworzymy projekty o różnej skali i zasięgu ? od ogólnopolskich, poprzez szkolne, klasowe, indywidualne.  Rozwijamy kluczowe umiejętności pracy zespołowej, projektowania działań, określania celu oraz etapów realizacji zadań związanych z osiąganiem celu.  Kształtujemy umiejętność samooceny oraz kluczową kompetencję obecnych czasów ? prezentację siebie i swojej pracy.